组织学与胚胎学教研室成立于1999年9月，现有教师12人，其中教授3人，副教授4人，双肩挑2人，返聘1人，9人拥有博士学位。主要承担本科层次《组织学与胚胎学》、《基础医学概论》和《医学实验形态学》课程的理论和实验教学工作。现任教研室主任为王晓龙副教授。

教研室承担多项科研及教改课题，其中国家级项目3项，省部级项目10项，厅局级项目10项，校级项目20余项。发表教学、科研论文百余篇。主编、参编教材20余部。曾获陕西省普通高等学校教学成果一等奖1项、二等奖1项，西安医学院教学成果特等奖2项、一等奖1项、二等奖2项。

教研室在教学改革创新、课程思政、青年教师培养方面成果显著。《组织学与胚胎学》课程及团队先后被评为“省级线下一流本科课程”“省级课程思政示范教学团队”“省级精品课程”“校级课程思政示范课程”和“校级重点课程”。近年来有10人次获省级以上教学竞赛奖：崔媛媛教授获中国解剖学会第二届教学大赛一等奖；郑慧媛教授获陕西首届高校课堂教学创新大赛一等奖、西北地区第三届医学（医药）院校青年教师教学基本功比赛一等奖；王晓龙副教授获陕西省高校教师第二届微课教学比赛一等奖、中国解剖学会第三届教学大赛一等奖、陕西高校思政课教师“大练兵”课程育人教学能手；邱忠营副教授获中国解剖学会第七届教学大赛一等奖；常远博士获得西安医学院2023年度导师制考核一等奖。

教研室曾被评为陕西省教育工会“五一巾帼标兵岗”和西安医学院优秀教研室。